胆总管结石的治疗方法主要有手术治疗、内镜治疗和药物辅助治疗等。一般来说，手术治疗是较为主要的方式，其中腹腔镜胆总管探查取石术是比较常用的手术方法，成功率较高。
手术治疗
开腹胆总管探查取石术： 这是传统的手术方式，需要切开腹部进行操作，创伤相对较大，术后恢复时间可能较长，一般住院时间可能在1周左右，但对于一些复杂的胆总管结石情况，是一种可靠的治疗手段。腹腔镜胆总管探查取石术： 属于微创手术，具有创伤小、恢复快的优点。通过几个小切口插入腹腔镜等器械进行操作，术后疼痛较轻，住院时间通常较短，一般3 - 5天左右即可出院，术后恢复相对较快。
内镜治疗
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆总管开口，插入导管将造影剂注入胆管显影，然后利用取石网篮等工具取出结石。这种方法对于合适的胆总管结石患者是一种非手术的有效治疗方式，尤其适用于身体状况较差不能耐受手术的患者，但术后有一定的胰腺炎等并发症风险，发生率约为1% - 5%。内镜下括约肌切开术（EST）： 在ERCP的基础上，切开胆总管末端的括约肌，便于结石取出。不过，该操作可能会引起出血、穿孔等并发症，需要谨慎评估患者情况后进行。
药物辅助治疗
抗生素： 当胆总管结石伴有胆管炎时，需要使用抗生素来控制感染。常用的有头孢菌素类抗生素，如头孢曲松等，一般需要根据感染的严重程度和细菌培养结果来选择合适的抗生素，使用时间通常根据病情恢复情况而定，可能需要3 - 7天甚至更长时间。溶石药物： 如熊去氧胆酸等，不过溶石治疗通常适用于较小的胆固醇结石，而且疗程较长，一般需要服用数月甚至数年，并且溶石效果个体差异较大，不是所有患者都能取得理想效果，而且在治疗过程中需要定期复查胆管情况。