怀孕初期出现肚子疼且流褐色分泌物，这里的褐色分泌物通常指的是阴道的褐色分泌物。导致这种情况的原因可能有先兆流产、异位妊娠、阴道炎等，需对症治疗。具体如下：
一、先兆流产：怀孕初期若因过度疲劳、情绪不佳等，可能引发先兆流产，子宫易出现痉挛，进而有怀孕初期肚子疼、阴道流褐色分泌物现象。患者可遵医嘱使用如黄体酮胶囊、地屈孕酮片、保胎灵胶囊等药物进行治疗，此期间要注意休息，避免过度劳累。
1.黄体酮胶囊：是一种孕激素类药物，可补充体内孕激素水平，有助于维持妊娠。
2.地屈孕酮片：可改善黄体功能不足，起到保胎作用。
3.保胎灵胶囊：具有补肾、固冲、安胎的功效。
二、异位妊娠：可能因怀孕初期输卵管炎症致受精卵运行受阻、子宫破裂等引起，出现异位妊娠时会导致阴道流血，有怀孕初期肚子疼、阴道流褐色分泌物情况。患者可遵医嘱应用如米非司酮片、阿莫西林颗粒、甲氨蝶呤片等药物治疗，病情严重时可采取输卵管切除术。
1.米非司酮片：用于终止早期妊娠等。
2.阿莫西林颗粒：可起到抗感染作用。
3.甲氨蝶呤片：可用于异位妊娠的保守治疗。
三、阴道炎：怀孕初期患者身体抵抗力较弱，若不注意个人卫生，易受细菌感染而致阴道炎，炎症反复刺激阴道可致分泌物增多，出现怀孕初期肚子疼、阴道流褐色分泌物情况。一般可用温水清洗私处，必要时可在医生指导下使用如克霉唑乳膏、苦参凝胶、克林霉素磷酸酯凝胶等药物治疗。
1.克霉唑乳膏：主要用于霉菌性阴道炎。
2.苦参凝胶：具有抗菌消炎的作用。
3.克林霉素磷酸酯凝胶：可用于治疗细菌性阴道炎。
总之，怀孕期间，建议患者最好避免同房，以免对阴道产生刺激。