肛窦炎的治疗方法有多种，一般可通过药物治疗、手术治疗等方式。药物治疗中，常用的有抗生素类药物，比如可以选用甲硝唑等，起到消炎的作用。
药物治疗方面
局部药物坐浴： 可以使用1：5000高锰酸钾溶液坐浴，一般每天坐浴1 - 2次，每次坐浴15 - 20分钟左右，能起到清洁、消炎的作用。栓剂药物： 可以使用痔疮栓等栓剂纳入肛门内，起到局部消炎、消肿的效果。
手术治疗情况
肛窦切开术： 如果肛窦炎比较严重，形成了脓肿等情况时，可能需要进行肛窦切开术。这种手术一般适用于肛窦炎反复发作，已经形成明显感染病灶的患者。肛窦切除术： 对于一些病情较为复杂，肛窦病变较严重的患者，可能会考虑肛窦切除术，但相对来说这种手术的适用情况相对较少。
生活方式调整
饮食方面： 要避免吃辛辣、刺激性食物，比如辣椒、花椒等，这些食物容易加重肛窦炎的症状。同时要多吃蔬菜水果，保持大便通畅，建议每天保证摄入足够的蔬菜，如菠菜、芹菜等，水果可以选择香蕉、苹果等，一般每天蔬菜摄入量最好在500克左右，水果在200 - 300克左右。排便习惯： 要养成良好的排便习惯，每天定时排便，避免便秘和腹泻。排便时间不宜过长，一般控制在5分钟以内。如果出现便秘情况，可以适当使用一些缓泻剂，但要在医生指导下使用。
中医治疗辅助
中药坐浴： 可以选用一些具有清热解毒、消肿止痛作用的中药进行坐浴，比如黄柏、苦参、金银花等中药煎水后坐浴，也能起到一定的治疗肛窦炎的作用。中药内服： 根据患者的具体病情，中医可以通过辨证论治给予相应的中药方剂进行内服调理，比如一些清热利湿、活血化瘀的方剂等，但具体用药需要由中医师根据患者的实际情况来开具。