例假完三天后流褐色分泌物，可能是生理性原因或病理性原因导致。生理性原因如排卵期出血，一般量少，持续2~3天左右。病理性原因可能有以下情况：
一、妇科炎症导致
宫颈炎： 宫颈受到炎症刺激，可能出现阴道少量褐色分泌物。宫颈炎分为急性和慢性，慢性宫颈炎较为常见，常表现为白带增多，有时也会有接触性出血，表现为褐色分泌物。子宫内膜炎： 子宫内膜发生炎症时，也可能出现异常阴道出血，表现为月经干净后又有褐色分泌物。子宫内膜炎多由细菌感染引起，可伴有下腹部疼痛、发热等症状。
二、内分泌失调引起
黄体功能不全： 黄体分泌的孕激素不足，会导致子宫内膜分泌反应不良和黄体期缩短。这样就可能使得月经干净后又出现少量褐色分泌物。一般黄体功能不全的女性，月经周期可能会缩短。甲状腺功能异常： 甲状腺激素分泌异常也可能影响月经情况。比如甲状腺功能减退时，可能出现月经紊乱，表现为月经干净后有褐色分泌物。甲状腺功能检查可发现甲状腺激素水平异常。
三、其他原因
宫内节育器影响： 有些女性放置宫内节育器后，可能会出现月经后有褐色分泌物的情况。这是因为宫内节育器对子宫内膜有一定的刺激作用，导致少量出血。一般放置节育器后的前3~6个月比较常见这种情况。子宫肌瘤： 黏膜下子宫肌瘤可能导致月经间期出血，表现为月经干净后又有褐色分泌物。子宫肌瘤是女性常见的良性肿瘤，可通过B超检查发现。