怀孕48天有咖啡色分泌物可能与以下原因有关：
1.先兆流产：在怀孕早期，胚胎着床不稳固，可能会出现少量阴道流血，表现为咖啡色分泌物。此外，还可能伴有腹痛、腹胀等症状。如果出血量增加或腹痛加剧，可能会发展为难免流产。
2.异位妊娠：受精卵着床在子宫以外的部位，如输卵管、卵巢、腹腔等，也会出现阴道流血，颜色可为咖啡色。异位妊娠可能导致破裂出血，引起急腹症，严重时危及生命。
3.宫颈病变：宫颈息肉、宫颈炎等宫颈病变也可能导致阴道流血，颜色可为咖啡色或鲜红色。
4.其他：孕妇过度劳累、孕酮水平低、胚胎发育异常等也可能引起这种情况。
需要注意的是，咖啡色分泌物也可能是正常的，但为了确保孕妇和胎儿的健康，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会建议进行超声检查、孕酮测定等，以了解胚胎的发育情况和孕妇的身体状况。
如果确诊为先兆流产，医生会根据具体情况采取相应的治疗措施，如卧床休息、补充孕酮等。如果是异位妊娠，需要及时进行手术治疗。如果是宫颈病变，可能需要进行相应的治疗。
此外，孕妇在孕期应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心态，遵循医生的建议进行产前检查和保健。如果出现阴道流血等异常情况，应及时就医，以便早期发现和处理问题。