怀孕48天一直有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕48天时，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。此外，还可能伴有阵发性下腹部疼痛，或腰背酸痛等症状。如果经过适当休息后，症状能得到缓解，则不需要过度担心；若休息后仍不缓解，或伴有阴道大量出血，可能会发展为难免流产，需及时就医。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，也会出现停经后阴道流血，常为点滴状，量少，色暗红，一般不超过月经量。少数患者阴道流血量较多，类似月经，阴道流血可伴有蜕膜碎片排出。
3.葡萄胎：葡萄胎停经后阴道流血为典型症状，多发生于停经后8-12周，量多少不定，时出时停，反复发作。
4.其他：还可能与宫颈息肉、宫颈癌前病变、宫颈癌等有关。
如果怀孕48天一直有褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如血HCG、孕酮、B超等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快，遵医嘱进行治疗和复查。