早孕31天时出现少量褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在孕早期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现少量阴道流血。此时需要注意休息，避免劳累和性生活，同时尽快就医，医生一般会建议进行孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测，并根据检查结果决定是否需要保胎治疗，如口服或注射黄体酮等孕激素。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，可导致子宫蜕膜剥离，引起阴道出血。此外，还可能伴有腹痛、肛门坠胀等症状。异位妊娠是一种非常危险的情况，需要及时就医，通过超声检查等明确诊断，并采取相应的治疗措施，如手术治疗或药物保守治疗。
3.宫颈病变：宫颈息肉、宫颈炎等宫颈病变也可能导致阴道少量出血，颜色可为褐色。医生一般会进行妇科检查，了解宫颈情况，必要时进行宫颈细胞学检查和（或）HPV检测，以明确诊断，并采取相应的治疗措施，如息肉摘除、药物治疗等。
4.其他：葡萄胎、胎停育等也可能导致阴道出血。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要就医后通过详细的检查和诊断来确定。在出现褐色分泌物时，应及时就医，医生会根据具体情况进行相应的检查和处理。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情放松。如果出血量增多、腹痛加剧或出现其他异常症状，应立即就医。此外，在孕早期，应按照医生的建议及时进行产前检查，以确保胚胎的健康发育。