三个月没来月经可能存在如下危害：一是导致子宫内膜增生，二是影响备孕，三是引起内分泌失调。具体如下：
一、导致子宫内膜增生：子宫内膜通常会在月经来临前脱落，若是长期不来月经，可能会致使子宫内膜过度生长，进而引发子宫内膜增生。对此种情况，患者可遵医嘱使用如醋酸甲羟孕酮片、炔诺酮片、复方醋酸甲地孕酮片等药物来进行治疗。
二、影响备孕：正常女性一般是在月经前排卵，而月经周期较长时可能导致排卵减少，排卵减少自然会影响备孕。所以在三个月没来月经的情况下，可能存在影响备孕的危害。通常建议女性前往医院检查，依据排卵情况合理安排同房时间，以提升怀孕的几率。
三、引起内分泌失调：如果只是偶尔出现三个月没来月经，这表明月经周期不规律，而这很可能会对雌激素、孕激素的正常分泌产生影响，从而引起内分泌失调，使患者出现面色晦暗、脾气暴躁、月经量异常等症状。所以三个月没来月经可能存在引起内分泌失调的危害。一般来说，患者可按医嘱使用药物进行治疗，例如乌鸡白凤丸、益母草颗粒、当归丸等。
总之，三个月没来月经可能带来多种不良影响，应引起重视并及时采取相应的措施进行处理。