头部毛囊炎治疗常用的药物有抗生素类药物等，一般局部外用抗生素药膏较为常见，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能有效抑制头部毛囊炎处的细菌感染，通常连续使用几天可见效。
外用抗生素药膏
莫匹罗星软膏： 属于局部外用抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对头部毛囊炎有较好的抗菌效果，直接涂抹在头部患处即可，一般涂抹后能帮助减轻炎症。夫西地酸乳膏： 对引起头部毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，可抑制细菌的蛋白质合成，从而发挥抗菌消炎作用，涂抹时要均匀覆盖患处皮肤。
抗真菌类药物
酮康唑洗剂： 如果头部毛囊炎是由真菌感染引起的，酮康唑洗剂就比较适用。它能抑制真菌细胞膜的合成，对马拉色菌等有抑制作用，使用时取适量洗剂涂抹在头部，按摩几分钟后冲洗干净，一般每周使用几次。特比萘芬乳膏： 对于真菌导致的头部毛囊炎有一定疗效，能干扰真菌固醇的早期生物合成，起到抗真菌作用，涂抹在头部患处后轻轻按摩至吸收。
口服药物情况
头孢类抗生素： 如果头部毛囊炎比较严重，炎症范围大且有全身症状时，可能会用到口服头孢类抗生素，如头孢拉定等，但这类药物需要在医生诊断后根据病情使用，因为要注意可能的过敏等情况。大环内酯类药物： 像红霉素等大环内酯类药物也可能用于头部毛囊炎的治疗，它可以抑制细菌蛋白质的合成，不过使用口服药物时一定要遵循医生的指导，不能自行随意服用。
特殊人群注意事项
儿童头部毛囊炎用药： 儿童头部出现毛囊炎时，使用药物要格外谨慎。比如外用药物，尽量选择温和且刺激性小的，像儿童专用的莫匹罗星软膏等，使用前最好先咨询医生，避免自行乱用药对儿童皮肤造成不良影响。孕妇头部毛囊炎用药： 孕妇患有头部毛囊炎时，用药需更加小心。一般外用药物相对更安全些，如一些比较温和的抗真菌洗剂等，但也需要在医生的评估下使用，因为要考虑药物对胎儿的影响，不能自行盲目用药。