头皮毛囊炎的治疗药物需根据病情严重程度等选择，一般局部外用药物较为常用。比如轻度头皮毛囊炎，可选用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，帮助缓解炎症，通常连续使用数天可见效。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的头皮毛囊炎，能有效抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。一般局部涂抹在患处，每天2 - 3次。但对莫匹罗星过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 对引起头皮毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。它可以通过抑制细菌的蛋白质合成来达到杀菌效果，使用时直接涂抹于患处，每日2 - 3次。孕妇及哺乳期妇女需在医生指导下使用。
抗真菌类药物
酮康唑洗剂： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起，如马拉色菌感染导致，酮康唑洗剂就比较适用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢。使用时将洗剂涂抹在湿润的头皮上，轻轻按摩3 - 5分钟后冲洗干净，每周使用2 - 3次。对酮康唑过敏者禁用。特比萘芬乳膏： 属于丙烯胺类抗真菌药物，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌细胞壁的合成。适用于真菌引起的头皮毛囊炎，局部涂抹于患处，每日1 - 2次。孕妇及哺乳期妇女慎用。
中药类外用药
金黄散： 可以用醋或蜂蜜调成糊状，敷在头皮毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用。一般每日敷1 - 2次，能缓解红肿热痛等症状。过敏体质者慎用。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，可促进局部血液循环，起到消炎、消肿、化脓的作用。涂抹在头皮毛囊炎患处，每日1 - 2次。使用时需注意避免接触眼睛和其他黏膜。