发烧反复发作可能由多种原因引起，比如感染性因素，像细菌、病毒等病原体反复感染就容易导致发烧反复。一般来说，病毒感染引起的上呼吸道感染，病程可能在3 - 7天左右，但如果病毒持续存在或者继发细菌感染，就可能出现发烧反复的情况。
感染性因素导致的发烧反复发作
细菌感染： 比如肺炎链球菌引起的肺炎，当机体免疫力相对较弱时，细菌可能无法被彻底清除，就会出现发烧反复的情况。像一些化脓性扁桃体炎，由A组乙型溶血性链球菌感染引起，如果治疗不彻底，也会导致发烧反复。病毒感染： 常见的如流感病毒感染，流感病毒亚型众多且易变异，人体感染后产生的免疫力持续时间有限，当再次接触不同亚型流感病毒时，就容易再次发烧。还有EB病毒引起的传染性单核细胞增多症，病程中也常常有发烧反复的表现，可持续1 - 3周甚至更久。
非感染性因素导致的发烧反复发作
自身免疫性疾病： 例如系统性红斑狼疮，这是一种自身免疫介导的炎症性结缔组织病，患者体内免疫系统紊乱，会攻击自身组织器官，导致机体持续处于炎症状态，从而出现反复发烧的情况。类风湿关节炎也属于自身免疫性疾病，病情活动期时，关节及周围组织炎症持续存在，可伴有发烧反复，而且这种发烧一般是低热或中等度热。肿瘤性疾病： 像白血病，白血病细胞在骨髓内大量增殖，抑制正常造血功能，同时机体免疫力下降，容易合并感染，并且肿瘤本身也会引起发热，表现为反复低热或高热。还有一些实体肿瘤，如肝癌、肾癌等，肿瘤组织坏死、释放肿瘤坏死因子等物质，也可导致发烧反复。
其他可能因素
环境因素： 如果长时间处于高温环境中，人体散热困难，也可能出现体温波动，看似发烧反复。比如在炎热的夏季，室内通风不良时，体温可能会有小幅升高，离开高温环境后体温可恢复正常，但如果环境因素持续存在，就可能表现为反复发烧。药物热： 某些人使用特定药物后可能会出现药物热，比如使用抗生素、抗癫痫药物等，药物作为外来物质刺激机体免疫系统，导致发热，而且在停药前可能会反复发烧，一般停药后体温会逐渐恢复正常。