发烧反复发作可能由多种原因引起，比如感染因素未彻底控制，像细菌感染时，若抗生素使用疗程不足，可能导致体温反复。一般细菌感染引起的发烧，若抗生素使用不规范，有30%左右的可能出现反复发作情况。
感染性因素导致
细菌感染：
局部细菌感染未清除：比如肺部细菌感染，像肺炎链球菌引起的肺炎，如果在治疗过程中，使用抗生素的时间不够，一般建议至少使用抗生素5~7天，若过早停药，就容易出现发烧反复发作。例如有些患者肺炎治疗3天就停药，很可能体温又回升。病毒感染：病毒持续复制：像流感病毒引起的流感，病程一般是7~10天，如果患者免疫力较低，病毒在体内持续复制，就会出现发烧反复。部分流感患者即使吃了抗病毒药物，也可能有2~3天的体温波动，体温可能在38℃~39℃之间反复。
非感染性因素导致
自身免疫性疾病：
类风湿关节炎：这类患者免疫系统异常，会攻击自身组织，导致炎症反应，从而引起发烧反复发作。在类风湿关节炎活动期，约60%~70%的患者会有低热或中等度发热，而且体温会反复波动。比如患者关节疼痛的同时，体温会时高时低，持续不好转。
恶性肿瘤：
肿瘤组织坏死吸收：当体内有恶性肿瘤时，肿瘤组织坏死释放出的物质会引起发热，而且这种发烧往往是反复的。例如肝癌患者，肿瘤组织坏死时，可能会出现反复低热，体温在37.5℃~38.5℃左右，并且会间断发作。