小孩子消化不良时，常用的药物有益生菌类，比如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群，一般儿童可以使用，有助于改善消化不良的情况，通常按儿童剂量服用。
益生菌类药物：
双歧杆菌四联活菌片： 里面含有四种有益菌，能补充肠道有益菌群，促进消化吸收，调节肠道功能紊乱引起的消化不良。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。
助消化类药物：
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，能促进消化，小孩子适量服用可改善消化不良引起的腹胀、食欲不振等症状。胰酶肠溶胶囊：在中性或弱碱性条件下活性较强，能促进蛋白质、淀粉及脂肪的消化，可用于小孩子因胰腺疾病引起的消化不良。
用药注意事项
年龄限制： 不同的助消化药物有不同的适用年龄范围，比如健胃消食片3岁以上儿童可以按说明书服用，3岁以下儿童需在医生指导下使用。特殊情况： 如果小孩子消化不良是因为疾病引起，比如肠胃炎等，单纯使用助消化药物可能不够，还需要针对原发疾病进行治疗，此时不能自行盲目用药，应及时就医。而且在服用药物期间，要注意观察小孩子的症状变化，如果服用药物后消化不良症状持续不缓解甚至加重，要及时复诊。