肛周脓肿主要通过手术治疗，一旦确诊，通常建议在发病后的1周内尽早手术，这样能避免感染进一步扩散。
手术治疗方式
切开引流术：这是治疗肛周脓肿最常用的方法。医生会在脓肿波动最明显的部位切开，让脓液充分引流出来，术后需要定期换药，一般创面愈合需要几周时间。一次性根治术：对于部分位置较复杂、瘘管形成的肛周脓肿，可采用一次性根治术。在切开引流脓液的同时，处理内口，避免形成肛瘘。但这种手术对医生的技术要求较高。
药物辅助治疗
抗生素应用：在手术前后可能会使用抗生素来控制感染。比如可以使用头孢类抗生素，如头孢呋辛等，通过静脉滴注或口服来抑制细菌感染，但抗生素使用需要根据药敏试验等情况合理选择，一般使用时间通常不超过2周。止痛药：如果术后疼痛明显，可使用止痛药，像对乙酰氨基酚等，能缓解疼痛，但要注意按照说明书或医嘱使用，避免过量。
术后护理要点
创面清洁：术后要保持肛周清洁，每次排便后最好用温水清洗肛周，防止粪便残留导致感染加重。一般建议每天清洗2 - 3次。饮食调整：术后饮食要清淡，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘或腹泻影响创面愈合。每天应保证摄入足够的水分，至少1500 - 2000毫升。休息与活动：术后要注意休息，避免剧烈运动，但也不要长时间卧床，可适当进行一些轻体力活动，如散步等，有助于促进血液循环，利于创面恢复。