肛周脓肿主要通过手术和药物治疗。对于轻症肛周脓肿，可先尝试药物保守治疗，如使用抗生素控制感染，但多数情况下，手术是根治肛周脓肿的主要方法，一般在发病后1周内手术效果较好。
药物治疗情况
抗生素使用： 医生会根据脓肿情况选用抗生素，常用的有头孢类等。比如对于细菌感染引起的肛周脓肿，抗生素能抑制细菌生长，减轻炎症，但一般单独药物治疗很难彻底治愈肛周脓肿，多作为辅助治疗。止痛药应用： 当肛周脓肿疼痛明显时，可使用止痛药缓解，如布洛芬等非甾体抗炎药，能减轻疼痛带来的不适，但不能从根本上解决脓肿问题。
手术治疗方式
切开引流术： 这是最常见的手术方式，医生会在脓肿处切开，排出脓液。一般手术时间较短，术后需要定期换药，促进伤口愈合，通常术后1 - 2周左右伤口会逐渐恢复，但恢复时间因个人体质不同有所差异。根治术： 对于复杂的肛周脓肿，可能会行根治术，能一次性彻底解决脓肿问题，避免复发。不过根治术相对切开引流术创伤稍大，术后恢复时间可能需要2 - 3周甚至更长时间，术后同样需要精心护理伤口。
术后护理要点
伤口清洁： 术后要保持伤口清洁，每天需要用温水或医生指定的药水清洗伤口，防止感染加重。一般建议便后都要进行清洗，保持肛周局部卫生。饮食注意： 术后饮食要清淡，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，避免吃辛辣、油腻等刺激性食物，防止刺激伤口，影响愈合，一般建议每天膳食纤维摄入量可保持在25 - 30克左右。休息与活动： 术后要注意休息，避免剧烈运动，但也不能长时间卧床不动，可适当进行一些轻度活动，如慢走等，促进血液循环，利于伤口恢复。