牙根部发黑可能是以下原因引起：
1.外源性色素沉着：长期吸烟、喝咖啡、饮茶等，或长期接触某些药物，如铁剂、铋剂等，可能导致牙根部外源性色素沉着，使牙齿看起来发黑。
2.龋齿：如果牙齿龋坏，细菌会分解食物中的糖分产生酸，导致牙齿脱矿，形成龋洞。龋坏进展到牙根部时，也会使牙根部变黑。
3.牙髓坏死：牙齿受到外伤、龋齿等原因导致牙髓感染、坏死，牙髓中的血红蛋白分解产物会使牙齿变色，通常表现为牙根部发黑。
4.牙结石：牙结石是由食物残渣、细菌等在牙齿表面沉积形成的，牙结石长期刺激牙龈，可能导致牙龈萎缩，使牙根部暴露，从而出现牙根部发黑的情况。
5.四环素牙：在牙齿发育期间，服用了四环素类药物，如四环素、金霉素等，药物会与牙齿中的钙结合，形成四环素钙复合物，导致牙齿永久性变色，使牙根部发黑。
6.其他：某些系统性疾病，如氟斑牙、釉质发育不全等，也可能导致牙根部发黑。
如果发现牙根部发黑，建议及时就医，医生一般会通过口腔检查、X线等检查，明确原因，并采取相应的治疗措施。如果是外源性色素沉着，可以通过洗牙等方法去除；如果是龋齿，需要进行补牙治疗；如果是牙髓坏死，需要进行根管治疗；如果是牙结石，需要进行洁牙治疗。如果是四环素牙或其他系统性疾病导致的牙根部发黑，可能需要进行更复杂的治疗。此外，日常生活中应注意保持口腔卫生，定期洗牙，定期检查牙齿，及时发现和处理问题。