毛囊炎通常由细菌感染引起，治疗时常用的药物有抗生素类。一般来说，局部外用的莫匹罗星软膏对轻度毛囊炎有较好效果，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。而对于较为严重的毛囊炎，可能会用到口服的抗生素，如头孢类抗生素，不过具体用药需根据病情来定。
外用药物治疗
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，像金黄色葡萄球菌、链球菌等导致的毛囊炎。它直接涂抹在患处，能有效抑制细菌生长，一般每天涂抹2 - 3次。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌有良好的抗菌活性，可用于治疗由葡萄球菌、链球菌等感染引发的毛囊炎。使用时取适量药膏均匀涂抹在患处，一天使用2 - 3次。
口服药物治疗
头孢类抗生素： 当毛囊炎比较严重，炎症范围较大或者伴有全身症状时，可能会使用头孢类药物。比如头孢拉定，它属于第一代头孢菌素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，但对青霉素过敏者要慎用。青霉素类抗生素： 像阿莫西林，也是常用的抗生素之一，适用于敏感菌所致的呼吸道、尿路和皮肤软组织感染等引起的毛囊炎。不过使用前需要做青霉素皮试，阳性者禁用。
特殊人群的注意事项
儿童患者： 儿童使用治疗毛囊炎的药物需要格外谨慎。如果是外用药物，要选择儿童适用的剂型，并且严格按照医嘱控制用药量。对于口服抗生素，要根据儿童的体重等情况来合理用药，避免使用不适合儿童的药物。孕妇患者： 孕妇出现毛囊炎时，外用药物相对更安全些，比如一些刺激性较小的外用抗生素软膏。而口服药物需要医生充分评估利弊，因为很多口服药物可能会对胎儿产生影响，必须在医生的指导下谨慎选择药物。