通常产后三个月小腹隐隐作痛可能由以下原因导致，可依据具体病因对症治疗：
一、生理因素：
1.因怀孕及生产导致停经时间较长，产后三个月恢复月经时可能出现腹部疼痛。
2.喂奶时宝宝吸奶刺激乳头，使脑部催产素分泌进而导致子宫收缩，也可能加重腹痛。这属于正常生理现象，通常无需特殊治疗，注意休息即可。
二、盆腔炎：
若产后三个月患者未做好身体护理，不注重个人卫生，可能引发盆腔炎，从而出现小腹隐痛情况，同时伴有分泌物。这种情况可在医生指导下使用克林霉素、硫酸庆大霉素等药物进行治疗。
三、子宫内膜异位症：
产后三个月患者若出现子宫内膜异位症，可能刺激子宫内膜导致出血，同时伴有明显腹痛。可在医生指导下使用孕三烯酮、促性腺激素释放激动剂等药物进行治疗。
总结概况提示：产后三个月小腹隐痛可能有生理因素、盆腔炎、子宫内膜异位症等原因，要根据具体情况判断并采取相应治疗措施。