产后三个月小肚子痛，可能与以下因素有关。
1.子宫收缩
产后子宫需要逐渐恢复到孕前状态，收缩时可能会引起小肚子痛。这种疼痛通常是阵发性的，且在产后1~2周内较为明显，之后会逐渐减轻。
2.子宫内膜炎
如果产后发生感染，如子宫内膜炎，也可能导致小肚子痛，同时还可能伴有恶露异常（如恶露有异味）、发热等症状。
3.盆腔炎
盆腔炎是指女性盆腔生殖器官、子宫周围的结缔组织及盆腔腹膜的炎症，可能导致小肚子痛、阴道分泌物增多、性交痛等症状。
4.膀胱炎
膀胱炎是膀胱的炎症，可能引起尿频、尿急、尿痛等症状，同时也可能伴有小肚子痛。
5.腹部受凉
产后腹部受凉，也可能导致小肚子痛。
6.其他
如肠梗阻、肠痉挛等，也可能引起小肚子痛。
如果产后三个月小肚子痛持续不缓解，或伴有其他异常症状，如发热、恶露异常、阴道出血等，应及时就医，进行相关检查，如血常规、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，产后应注意休息，保持个人卫生，避免过度劳累和着凉。