小肚子隐隐作痛可能由以下疾病引起：
一、消化系统疾病：
1.克罗恩病：这是一种原因不明的肠道炎症性疾病，可导致腹痛、腹泻、腹部包块等症状，腹痛多位于右下腹或脐周，呈间歇性发作，常伴有肠鸣音亢进。
2.溃疡性结肠炎：主要表现为反复发作的腹泻、黏液脓血便、腹痛等，腹痛多位于左下腹，常为阵发性绞痛，便后可缓解。
3.肠易激综合征：以腹痛、腹胀、排便习惯改变和大便性状异常为主要表现，腹痛多在腹部任何部位，以下腹部和左下腹多见，可在排便或排气后缓解。
4.结直肠肿瘤：早期常无明显症状，随着病情进展可出现腹痛、便血、大便习惯改变等，腹痛多为持续性隐痛或阵发性绞痛，伴有腹部肿块、消瘦等表现。
二、泌尿生殖系统炎症：
1.膀胱炎：主要表现为尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，同时可伴有下腹疼痛、坠胀感等，严重时可出现血尿。
2.附件炎：多发生于女性，主要表现为下腹疼痛、坠胀感，常伴有月经失调、白带异常等。
三、泌尿生殖系统结石：
1.尿道结石：主要表现为排尿困难、尿痛、血尿等，疼痛可放射至阴茎头部或会阴部，男性多见。
2.膀胱结石：主要表现为下腹疼痛、排尿中断、尿频、尿急等，疼痛可放射至会阴部或阴茎头部，男性多见。
四、泌尿生殖系统肿瘤：
1.男性膀胱癌：主要表现为无痛性血尿，可伴有下腹疼痛、尿频、尿急等症状。
2.女性卵巢癌：早期常无明显症状，随着病情进展可出现下腹疼痛、腹胀、腹部肿块等，晚期可出现消瘦、乏力等全身症状。
3.子宫肌瘤：主要表现为下腹疼痛、坠胀感、月经失调、阴道出血等，疼痛多为持续性隐痛或阵发性绞痛。
长期小肚子隐痛需要引起重视，要注意观察是否有发热、血尿、血便、阴道出血等伴随症状，及时就诊，明确诊断，在医生的指导下进行治疗。
总结：小肚子隐痛可能是多种疾病导致，包括消化系统疾病如克罗恩病等，泌尿生殖系统炎症如膀胱炎等，结石如尿道结石等，肿瘤如膀胱癌等，要留意伴随症状并及时就医诊治。