流脑疫苗接种后可能出现一些不良反应，一般来说，不良反应发生率较低。多数不良反应较轻微，是暂时的。
局部不良反应
注射部位红肿：接种流脑疫苗后，少数人会出现注射部位红肿，一般红肿范围较小，直径多在2~5厘米左右，通常在接种后1~2天内出现，多数在2~3天内自行消退。注射部位疼痛：部分人会感到注射部位疼痛，疼痛程度一般较轻，多数人可耐受，不需要特殊处理，1~2天内会逐渐缓解。
全身不良反应
发热：接种后可能出现发热，一般为低热，体温多在37.5~38.5℃之间，这种低热通常在接种后1~2天出现，持续1~2天可自行消退。少数人可能出现中度发热，体温在38.5~39℃之间，但这种情况相对较少见。疲倦乏力：有些接种者会感觉疲倦乏力，精神状态不如平时，一般持续1~2天，通过适当休息可逐渐恢复。
罕见不良反应
过敏反应：虽然非常罕见，但也有可能出现过敏反应，如皮疹、瘙痒、呼吸困难等。如果出现皮疹，可能是散在的小丘疹，瘙痒明显；若出现呼吸困难，是比较严重的情况，需要立即就医处理。神经系统反应：极个别情况下可能出现神经系统反应，如头痛、头晕等，但发生概率极低。头痛程度因人而异，有的可能是轻微胀痛，有的可能相对较明显，但一般在短时间内会有所缓解。接种流脑疫苗后，要在接种点留观30分钟，以便出现严重不良反应时能及时处理。如果出现较为严重或持续不缓解的不良反应，应及时就医，并向医生详细告知接种情况。