接种流脑疫苗后，少数人可能出现不良反应。一般来说，接种后24小时内是不良反应相对集中的时间段。
局部不良反应情况
接种部位红肿：接种流脑疫苗后，约10%左右的人会出现接种部位红肿，一般红肿范围较小，直径多在2 - 5厘米左右，通常1 - 2天可自行消退。接种部位疼痛：部分人会感到接种部位疼痛，这种疼痛一般比较轻微，多数人可耐受，1 - 3天内会逐渐缓解。
全身不良反应状况
发热：约5% - 10%的人可能出现发热，一般为低热，体温在37.5 - 38.5℃之间，这种发热通常持续1 - 2天就会自行消退。轻度头痛：少数人会出现轻度头痛症状，一般不需要特殊处理，休息1 - 2天多可缓解。
特殊人群不良反应差异
婴幼儿：婴幼儿接种流脑疫苗后，出现不良反应的概率可能相对稍高一些。比如发热的情况可能相对更明显一点，不过大多也是低热为主，而且一般恢复较快。婴幼儿如果出现接种后的不良反应，家长要多留意体温变化和精神状态，若体温超过38.5℃且持续不退或精神萎靡，需及时就医。过敏体质者：过敏体质者接种流脑疫苗后，发生过敏反应的风险相对较高。可能出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏表现，严重的可能出现过敏性休克等严重过敏反应，但这种情况非常罕见。如果本身已知对疫苗成分过敏，是严禁接种流脑疫苗的。