肝内胆管结石的治疗方法需根据病情来定。对于无症状的肝内胆管结石，一般定期复查即可，每6~12个月做一次腹部B超检查，观察结石变化情况。
手术治疗
开腹手术： 适用于结石较多、病情较复杂的患者。通过切开胆管取出结石，能直接清除较大的结石，但创伤相对较大，术后恢复时间可能较长，一般需要1~2周住院观察恢复。腹腔镜手术： 属于微创手术，创伤小，恢复快，通常术后3~5天可出院。不过它对医生操作技术要求较高，适合结石相对局限、病情不太复杂的患者。
内镜治疗
内镜下逆行胰胆管造影（ERCP）： 可通过口腔、食管、胃到达十二指肠乳头，插入导管至胆管，取出结石。这种方法适用于胆总管有结石合并肝内胆管结石的情况，术后需住院观察1~3天，观察有无腹痛、发热等并发症。内镜下胆管球囊扩张取石： 对于胆管狭窄伴结石的患者，先扩张狭窄部位，再取出结石，能改善胆管引流，减少结石复发风险，但术后要注意胆管感染等问题。
药物辅助治疗
消炎利胆药物： 如消炎利胆片等，可缓解胆管炎引起的腹痛、腹胀等症状，帮助减轻胆道炎症，但不能从根本上去除结石，一般作为辅助治疗，长期服用需遵循医生建议。溶石药物： 像熊去氧胆酸等，适用于结石较小、胆囊功能较好的患者，但溶石过程较慢，可能需要6个月以上，且并非所有患者都有效，服用期间要定期复查肝功能等指标。