真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，皮肤真菌感染较为常见，比如体癣，会出现环形红斑，边缘有丘疹、水疱，伴有瘙痒，这种情况在人群中发生率较高。
皮肤真菌感染症状
体癣症状： 常表现为皮肤上出现圆形或椭圆形的红斑，边界清晰，红斑边缘有丘疹、水疱，中央皮肤相对正常，患者会感到明显瘙痒，尤其在温暖潮湿的环境下可能会加重。手足癣症状： 手癣多从一侧手指开始，出现水疱、脱屑、干燥开裂等情况；足癣则分为水疱型、糜烂型和鳞屑角化型，水疱型会有深在性水疱，瘙痒剧烈；糜烂型常见于趾间，皮肤浸渍发白，糜烂渗出；鳞屑角化型表现为皮肤粗糙、增厚、脱屑。
深部真菌感染症状
肺部真菌感染症状： 轻症可能无明显症状，病情较重时会出现咳嗽、咳痰，痰可为白色黏痰或脓性痰，有的患者还会伴有发热，体温可在38℃左右，严重时会出现呼吸困难。消化道真菌感染症状： 口腔念珠菌感染会出现口腔黏膜有白色膜状物，不易擦拭，擦拭后可见充血糜烂面，患者可能有疼痛、吞咽困难；食管真菌感染时，会有吞咽疼痛、胸骨后不适等表现，严重者可能出现呕血等症状。
黏膜真菌感染症状
口腔黏膜真菌感染： 除了前面提到的口腔念珠菌感染出现白色膜状物外，还可能伴有口干、口臭等情况，儿童患者可能会因为口腔不适而哭闹、拒食。阴道黏膜真菌感染： 主要表现为阴道瘙痒，瘙痒程度较为严重，可影响日常生活和睡眠，阴道分泌物增多，呈白色稠厚豆腐渣样，有的患者还会出现外阴红肿等症状。