肾结石患者疼痛的部位多在腰腹部，具体来说，疼痛可能出现在腰部一侧或者上腹部。一般来说，当结石较小在肾脏内移动时，可能会引起腰部的隐痛或者胀痛；而当结石刺激肾盂或者输尿管，导致输尿管痉挛时，疼痛会比较剧烈，呈绞痛样，可从腰部或者上腹部放射至同侧的下腹部、腹股沟、大腿内侧等部位。
疼痛的不同表现
钝痛为主的情况：
活动后加重：如果肾结石患者平时活动量增加，比如走路、跑步等，可能会导致结石在肾脏内移动，从而使腰部的钝痛感觉加重。一般这种钝痛可能会持续一段时间，休息后可能会有所缓解，但活动后又容易复发。夜间可能明显：部分肾结石患者在夜间休息时，疼痛可能会相对明显一些。这是因为夜间人体的体位相对固定，结石移动对肾脏或者输尿管的刺激相对更明显，从而引发疼痛。
绞痛为主的情况：
疼痛突然发作：肾结石引起的绞痛往往是突然发作的，疼痛程度比较剧烈，就像刀割一样。这种疼痛可能没有明显的前兆，突然就会让患者难以忍受。放射范围广：除了向同侧下腹部、腹股沟等部位放射外，有的患者还可能放射至会阴部、阴囊（男性）或者大阴唇（女性）等部位。而且疼痛发作时，患者往往坐立不安，难以保持一个舒适的体位。
疼痛与结石大小的关系
小结石引起的疼痛：
疼痛相对较频繁：直径小于 0.6 厘米的肾结石，相对比较容易在肾脏内移动，所以患者可能会频繁出现腰部或者腹部的疼痛，尤其是在身体活动的时候。疼痛程度相对较轻：小结石引起的疼痛一般以隐痛或者胀痛为主，虽然也会有不适，但相对绞痛来说，程度要轻一些，但也会影响患者的日常生活。
大结石引起的疼痛：
疼痛相对局限：直径大于 0.6 厘米的肾结石，在肾脏内移动相对困难，所以疼痛可能相对局限在腰部或者上腹部。疼痛持续时间长：大结石引起的疼痛往往持续时间比较长，而且可能不容易缓解，患者会长期受到疼痛的困扰。
疼痛与结石位置的关系
肾盂内结石：
腰部正中附近疼痛：如果结石位于肾盂内，患者可能会感觉到腰部正中附近有疼痛不适，有时候可能会伴有坠胀感。疼痛与体位关系不大：肾盂内的结石相对来说，受体位变化的影响较小，疼痛相对比较固定，但也可能会因为结石的微小移动而出现疼痛程度的变化。
输尿管结石：
不同部位疼痛不同：如果结石在输尿管上段，疼痛可能会出现在腰部或者上腹部；如果结石在输尿管中段，疼痛会向腹部中线部位放射；如果结石在输尿管下段，疼痛除了向会阴部等部位放射外，还可能伴有尿频、尿急等症状。疼痛伴随尿路刺激征：输尿管结石引起的疼痛常常会伴随有尿路刺激症状，比如尿频、尿急、尿痛等，这是因为结石刺激输尿管黏膜，导致尿路出现炎症反应样的表现。