肾结石引起的疼痛部位因结石位置不同而有差异。
一、肾盂内大结石或轻度肾积水时
通常疼痛不明显，或仅有腰部酸胀、隐痛感，多在活动后可能有轻微不适，这是因为结石未造成明显梗阻，对肾脏组织刺激较轻。
二、结石移动引起梗阻时
若结石在肾盂输尿管连接处或输尿管内移动，可引发肾绞痛，疼痛多位于腰背部或肋腹部，疼痛较为剧烈，呈阵发性，可向同侧下腹部、腹股沟、阴囊或大阴唇放射，这是由于结石刺激输尿管平滑肌，导致其痉挛性收缩。
三、结石位于输尿管下段时
除了腰部或腹部疼痛外，还可能出现膀胱刺激症状，如尿频、尿急等，疼痛可向会阴部放射，因为输尿管下段接近膀胱，刺激膀胱相关神经。
四、不同人群的疼痛特点
儿童肾结石患者疼痛表现可能不太典型，常表现为哭闹不安，可能难以准确表述疼痛部位；女性患者在疼痛放射时需注意与妇科疾病鉴别，但肾结石引起的放射痛有其自身特点；对于有基础疾病如糖尿病的患者，肾结石疼痛可能被基础疾病症状掩盖，需仔细辨别。