孕40天流产的处理需综合多方面因素，如流产方式、孕妇身体状况及复查结果等，特别是对于流产不全的情况要妥善处理，包括药物调理或清宫手术等，以避免影响子宫恢复。具体如下：
一、自然流产：
1.怀孕40天自然流产后，要持续观察出血的量与时间。等出血干净后需及时到医院进行彩超复查，以判断是否流产完全。
(1)若提示宫腔内残留物较多或存在流产不全的情况，建议安排清宫手术。这是因为若不及时处理，可能会导致出血时间延长，还会显著增加宫腔内感染的风险。
(2)清宫手术后要注意充分休息，严禁性生活。必要时需遵医嘱使用甲硝唑片进行抗感染治疗，从而降低术后感染的风险。
二、人工流产：
1.意外怀孕40天准备进行流产手术时，应先到医院做全面检查，评估女性身体状况，进而确定流产方案。在确诊为正常宫内孕后，可预约药物流产或无痛人流手术。
(1)流产前要做好相应准备，流产后要多休息，以防造成宫腔内感染。
(2)术后可遵医嘱使用益母草颗粒来促进子宫收缩，有助于改善腹痛、出血等现象。
总之，孕40天流产后的处理要根据具体情况进行针对性安排，密切关注并采取合适的措施，以保障孕妇身体的恢复和健康。