孕40天流产的处理需综合多方面因素，包括流产方式、孕妇身体状况及复查结果等，尤其要重视流产不全情况的处理，如药物调理或清宫手术，以保障子宫良好恢复。
一、自然流产：怀孕40天自然流产后，要密切观察出血量与出血时间。出血干净后应尽快到医院进行彩超复查，明确是否流产完全。若提示宫腔内残留物较多或存在流产不全，应考虑安排清宫手术，这可避免出血时间过长，也能降低宫腔内感染风险。清宫手术后需注意充分休息，严禁性生活。必要时还需遵医嘱使用甲硝唑片进行抗感染治疗，以减少术后感染几率。
二、人工流产：若意外怀孕40天需进行流产手术，应先到医院做全面检查，以评估女性身体状况并确定流产方案。在确诊为正常宫内孕后，可预约药物流产或无痛人流手术。但流产前需做好相应准备，流产后要多休息，以防宫腔内感染。术后可遵医嘱使用益母草颗粒促进子宫收缩，有助于改善腹痛、出血等情况。
总之，对于孕40天流产，要根据具体情况采取合适的处理措施，同时要关注流产后的恢复情况，确保女性身体健康。