第三代试管婴儿的成功率受到多种因素影响，一般来说，在30%~60%左右。它主要适用于有染色体异常、单基因遗传病等情况的夫妇。
影响第三代试管婴儿成功率的因素——患者年龄
女性年龄是重要因素之一。一般来说，25~34岁女性做第三代试管婴儿的成功率相对较高，能达到50%左右甚至更高；而35岁以上女性随着年龄增长，成功率会逐渐下降，35~37岁可能降到40%左右，40岁以上则可能低于30%。男性的年龄也有一定影响，男性年龄过大，精子质量可能下降，也会对成功率产生不利影响。
影响第三代试管婴儿成功率的因素——胚胎质量
胚胎质量是关键。优质的胚胎成功率相对更高。通过第三代试管婴儿技术，会对胚胎进行基因检测，筛选出没有遗传疾病的胚胎进行移植。如果筛选出的胚胎本身质量好，移植后着床成功的概率就大，成功率相应提高；反之，如果胚胎质量差，即使进行了基因筛选，成功率也会受到影响。
影响第三代试管婴儿成功率的因素——子宫环境
女性的子宫环境也很重要。子宫内膜厚度适宜（一般在8~12mm左右比较合适）、子宫内没有肌瘤、息肉等病变时，有利于胚胎着床，成功率就高。如果子宫环境不佳，比如子宫内膜过薄或过厚、存在子宫疾病等，都会降低胚胎着床的几率，从而影响第三代试管婴儿的成功率。
影响第三代试管婴儿成功率的因素——医疗技术水平
不同的医疗机构医疗技术水平有差异。专业的、经验丰富的生殖中心，其第三代试管婴儿技术更成熟，设备更先进，医护人员操作更规范，成功率相对更高。而一些医疗技术水平相对较弱的机构，成功率可能会受到一定影响。同时，术后的护理等也很关键，患者按照医生要求进行科学的术后护理，也有助于提高成功率。