卵巢巧克力囊肿的有效治疗方法主要包括根治性手术切除，其他方法如药物治疗往往难以彻底根治，多是控制病情进展。具体如下：
一、手术治疗：
1.对于有生育要求的患者，建议实施保留生育功能的手术，即切除病灶并保留子宫，能较好地治疗该疾病。
2.对于无生育要求的患者，可考虑根治性手术切除，包括切除子宫及附件，这样几乎不会复发，可获得较好治疗效果。但患者需术前慎重考虑，选择适合自身的治疗方式。
二、药物治疗：药物治疗主要目的是抑制卵巢功能以减缓疾病进展，可服用激素类药物，如地屈孕酮、米非司酮以及布洛芬等，但无法彻底根治卵巢巧克力囊肿，需与手术配合治疗。需注意的是，激素类药物会对人体内分泌系统产生一定影响，所以上述药物均应在医生指导下服用，以避免出现更严重不良后果。
三、其他治疗：如果患者症状较轻或仅有轻微病变且未产生不适症状，可定期复查。部分患者还可进行中医的辨证论治，遵医嘱服用大黄蛰虫丸、血府逐瘀汤等药物，能起到活血化瘀的作用，进行综合调理。
总之，对于卵巢巧克力囊肿的治疗，应根据患者的具体情况选择合适的方法，以达到较好的治疗效果。