手指甲凹陷通常由以下原因导致：一是外伤，二是真菌感染，三是维生素缺乏。
一、外伤：当手指甲处遭受外伤时，就可能致使指甲向下凹陷，同时还可能使局部出现淤血，并伴有疼痛症状。一般情况下，经过一段时间后可逐渐恢复正常。比如手指被重物砸到等情况，都容易引发这种现象。
二、真菌感染：若指甲部位受到真菌感染，那么甲板会受到真菌刺激，可能导致指甲分离，另外也可能出现指甲凹凸不平以及手指甲凹陷的状况。像常见的灰指甲等，就可能有这样的表现。
三、维生素缺乏：倘若体内维生素摄入不足，会影响指甲的发育，不仅可能造成指甲脆且容易劈裂，甚至会导致手指甲凹陷。比如缺乏维生素A、维生素B等，都可能对指甲产生不良影响。
由于引发手指甲凹陷的原因各异，所以所采取的治疗方式也不相同，需要依据病因来选取较为适宜的处理办法。
总之，手指甲凹陷可能是多种因素造成的，需要仔细甄别原因，以便采取正确的应对措施。