小指甲有凹陷，可能是以下原因导致：
1.匙状甲：也叫反甲，是一种甲板中央凹陷，边缘翘起，形状如匙的甲病。常见于缺铁性贫血、高原疾病等。
2.扁平苔藓：一种皮肤-黏膜慢性炎症性疾病，可累及指甲，导致甲板出现纵脊、凹陷等改变。
3.银屑病：俗称牛皮癣，是一种慢性炎症性皮肤病。部分患者的指甲可出现顶针样凹陷。
4.甲癣：由真菌感染引起的甲病，可导致指甲增厚、变色、变形，出现凹陷。
5.其他：湿疹、斑秃、扁平红苔藓等疾病也可能引起小指甲凹陷。
治疗方法因病因而异。如果是缺铁性贫血引起的匙状甲，需要补充铁剂；扁平苔藓需要使用糖皮质激素、免疫抑制剂等治疗；银屑病则需要使用银屑病治疗药物，如维A酸类、免疫抑制剂等；甲癣需要使用抗真菌药物治疗。
如果发现小指甲有凹陷，建议及时就医，明确原因，以便进行针对性治疗。