牙周炎治疗中常用的药物主要有抗生素类、抗炎类等。一般来说，甲硝唑等抗生素药物常用于控制牙周炎的细菌感染，不过具体用药需根据病情由医生决定。
抗生素类药物
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，能抑制厌氧菌生长，对牙周炎常见的厌氧菌有较好的抑制作用。它可以帮助减轻牙周组织的炎症和感染，但要注意孕妇及哺乳期女性禁用，且服用期间不能饮酒。阿莫西林： 是广谱青霉素类抗生素，与甲硝唑联合使用时，能增强对牙周炎致病菌的杀菌效果。不过，对青霉素过敏的人不能使用阿莫西林。
抗炎类药物
布洛芬： 具有抗炎、镇痛、解热的作用。当牙周炎引起明显疼痛时，布洛芬可以缓解疼痛和减轻炎症反应。一般成人每次服用0.3 - 0.6克，每4 - 6小时可重复用药，但要注意胃溃疡患者慎用。双氯芬酸钠缓释片： 同样是非甾体抗炎药，抗炎镇痛效果也较为显著。它能有效减轻牙周炎导致的牙龈肿胀、疼痛等症状，不过有消化道溃疡病史的人要谨慎使用。
局部用药
米诺环素凝胶： 属于局部用的四环素类抗生素，将其涂抹在牙周袋内，能直接作用于牙周局部的感染部位，持续释放药物，抑制细菌生长，减轻牙周炎症，而且全身副作用相对较小。复方氯己定含漱液： 含漱液中的氯己定能抑制菌斑形成，减少牙龈出血，减轻牙周炎症。使用时，每次含漱10 - 15毫升，每天2 - 3次，但长期使用可能会使牙齿和黏膜着色，所以不宜长期连续使用。