牙周炎治疗常用的药物主要有抗生素类、抗厌氧菌药物等。一般来说，牙周炎治疗会用到甲硝唑等药物，它对厌氧菌有较好的抑制作用，但具体用药需遵医嘱。
抗生素类药物
阿莫西林：属于广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。它可以帮助控制牙周炎患者口腔内的细菌感染，但使用前需确认患者不对青霉素类药物过敏。头孢菌素类：比如头孢氨苄等，也具有抗菌作用，能针对引起牙周炎的常见细菌进行抑制，可在医生判断适合时使用。
抗厌氧菌药物
甲硝唑：对牙周炎常见的厌氧菌有较强的杀灭作用，能有效减轻牙周炎导致的牙龈红肿、出血等炎症症状。不过，孕妇及哺乳期女性禁用甲硝唑，且服用期间不能饮酒。替硝唑：同样是抗厌氧菌的药物，抗菌谱与甲硝唑相似，但副作用相对较小一些，也可用于牙周炎的辅助治疗。
局部用药
米诺环素凝胶：这是一种局部应用的药物，将其注入牙周袋内，能在局部发挥抗菌作用，持续时间较长，可直接针对牙周袋内的细菌进行抑制，帮助改善牙周炎症状。碘甘油：局部涂抹碘甘油可以起到杀菌、收敛的作用，能减轻牙周袋的炎症，缓解牙龈的红肿疼痛等不适。在清洁牙周袋后涂抹效果较好。
辅助药物
氯己定含漱液：可以在刷牙后含漱，能抑制口腔内的细菌生长，减少菌斑的形成，辅助治疗牙周炎。一般建议每天使用2 - 3次，每次含漱30秒左右。但长期使用可能会使牙齿和舌苔染色，停用后可逐渐恢复。