乳腺囊肿的成因较为复杂，一般认为可能与内分泌紊乱、乳腺结构不良以及哺乳障碍等因素有关。比如，有研究发现约10% - 25%的乳腺囊肿患者与内分泌失调相关。
内分泌紊乱相关因素
激素水平失衡： 女性体内的雌激素和孕激素平衡对乳腺组织的正常状态至关重要。当雌激素水平相对过高，或者孕激素水平相对不足时，就可能影响乳腺的正常结构和功能，增加乳腺囊肿形成的风险。例如，在月经周期中，如果激素波动较大，就容易出现这种失衡情况。催乳素异常： 催乳素分泌异常也可能和乳腺囊肿产生有关。当体内催乳素水平出现紊乱时，会干扰乳腺的正常代谢，进而可能促使乳腺囊肿的形成。
乳腺结构不良因素
乳腺导管异常： 乳腺导管如果发生扩张、扭曲等结构异常情况，会影响乳汁等物质的正常排出和流动，使得分泌物在局部积聚，从而为乳腺囊肿的形成创造条件。比如，乳腺导管的先天性发育异常就可能引发此类问题。腺泡增生影响： 乳腺腺泡如果出现异常增生，也会对乳腺的内部环境产生影响。增生的腺泡可能会导致局部组织的微环境改变，使得液体容易在局部潴留，增加乳腺囊肿发生的几率。
哺乳障碍因素
乳汁淤积： 哺乳期女性如果出现乳汁排出不畅，就容易导致乳汁在乳腺内淤积。长时间的乳汁淤积会使乳腺导管扩张，形成囊肿样结构。例如，婴儿吸吮力度不够或者哺乳姿势不正确等情况，都可能造成乳汁淤积。乳腺导管阻塞： 哺乳期乳腺导管如果发生阻塞，同样会阻碍乳汁的正常排出，进而引发乳腺囊肿。导管阻塞可能是由于炎症等因素导致导管内壁细胞肿胀、分泌物堵塞等原因引起的。