乳腺囊肿通常是由多种因素引起的，其中内分泌紊乱较为常见，约有60%~80%的乳腺囊肿患者与体内激素水平失衡有关。雌激素水平相对过高，孕激素水平相对不足时，就容易刺激乳腺导管上皮增生，导致导管扩张形成囊肿。
内分泌紊乱相关因素
激素比例失调： 女性体内的雌激素和孕激素需要维持相对平衡的状态。当雌激素分泌过多，或者孕激素分泌减少，就会打破这种平衡。比如在月经周期中，黄体期孕激素分泌不足，就可能引发乳腺囊肿。像有数据统计，在月经前乳腺囊肿患者的症状往往会加重，就是因为此时孕激素水平较低。泌乳素异常： 泌乳素水平异常也可能导致乳腺囊肿。泌乳素过高会影响乳腺的正常生理功能，促使乳腺组织异常增生，进而形成囊肿。
乳腺结构不良
乳腺导管扩张： 乳腺导管如果发生扩张，就容易形成囊肿。导管扩张可能是由于导管本身的结构异常，或者是分泌物排出不畅导致的。例如，乳腺导管内的上皮细胞过度增生，可能会堵塞导管，使分泌物积聚形成囊肿。腺泡梗阻： 乳腺的腺泡如果出现梗阻，也会引发乳腺囊肿。腺泡梗阻后，腺泡内的液体无法正常排出，逐渐积聚形成囊肿。这种情况在一些乳腺组织较为致密的女性中相对更易发生。
炎症因素
乳腺炎症遗留： 乳腺曾经发生过炎症，在炎症恢复后可能会导致乳腺导管狭窄，从而引起囊肿。比如急性乳腺炎没有得到彻底治疗，炎症消退后，局部组织修复过程中可能会造成导管狭窄，使得乳汁等分泌物潴留形成囊肿。慢性炎症刺激： 长期的慢性炎症刺激乳腺组织，会使乳腺组织发生病理性改变，增加乳腺囊肿的发生风险。慢性炎症可能由多种原因引起，如细菌的持续感染等。