附件囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者症状等综合判断。一般来说，较小的生理性附件囊肿可能会自行消失，无需特殊治疗；而对于较大或病理性的附件囊肿，治疗方法有所不同。
观察等待情况
生理性附件囊肿：部分女性在月经周期中可能会出现生理性附件囊肿，比如黄体囊肿，一般直径小于5厘米，这种情况通常在月经干净后复查，有很大可能会自行消退，不需要马上进行治疗，定期（一般间隔1 - 3个月）做B超观察囊肿变化即可。
药物治疗方向
炎性附件囊肿：如果附件囊肿是由炎症引起的，可能会使用抗生素来治疗。比如盆腔炎性疾病导致的附件炎性包块，会根据病情选用合适的抗生素，像头孢类抗生素联合甲硝唑等，通过抗炎治疗来缩小囊肿，但药物治疗需要在医生指导下规范使用，且一般需要连续用药一定疗程，比如7 - 14天等，然后再复查评估囊肿变化。
手术治疗情况
囊肿较大或怀疑恶变：当附件囊肿直径大于5厘米，或者经过观察囊肿持续存在、有增大趋势，又或者怀疑囊肿有恶变可能时，通常需要手术治疗。手术方式有多种，比如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留生育功能的患者；还有患侧附件切除术，适用于年龄较大、无生育要求或怀疑恶变的情况。手术一般在腹腔镜下进行，相对创伤较小，术后恢复也较快，不过术后也需要定期复查，监测身体恢复情况以及有无复发等。
不同人群注意事项
育龄女性：如果是有生育计划的育龄女性发现附件囊肿，治疗时要充分考虑对生育功能的影响，比如手术尽量选择对卵巢功能影响较小的方式，药物使用也要谨慎选择不影响备孕的药物等。绝经后女性：绝经后女性出现附件囊肿，因为绝经后卵巢功能衰退，囊肿恶变的风险相对较高，所以一旦发现附件囊肿，更倾向于积极评估后进行手术治疗，以排除恶性病变的可能。