大拇指指甲上有凹陷可能与缺铁性贫血、风湿热等有关。具体如下：
一、甲真菌病：这是因真菌感染甲板真菌导致的感染性疾病。指甲感染真菌后，可被破坏进而导致指甲变形，表现为甲板凹陷、颜色浑浊、失去光泽、变脆、容易翘起等，是指甲凹陷常见原因之一。
1.感染机制：真菌侵袭甲板。
2.症状表现：甲板出现各种异常。
二、甲营养不良：是多因素引起的指甲损害。表现为甲板变薄、混浊，有凹陷、变形、易破碎，指甲表面粗糙、失去光泽。甲营养不良有先天性和后天性之分。先天性甲营养不良由常染色体显性遗传导致，如营养不良性大疱性表皮松解症等。后天性甲营养不良原因众多，常见的有某些皮肤病（如扁平苔藓、银屑病、红斑狼疮等）、局部外伤，或是有些人偏食、挑食导致营养摄入不足，出现微量元素缺乏。还有些人与局部化学刺激有关，比如有些人经常过量接触洗涤剂、消毒剂，以及一些女性长期接触美甲制品，这些化学性刺激都可能导致甲营养不良。
1.先天性：与遗传有关。
2.后天性：
(1)皮肤病等因素。
(2)营养缺乏。
(3)化学刺激。
若出现上述症状，应及时到医院进行全面检查，明确诊断并规范治疗。
总结：大拇指指甲凹陷可能由多种原因引起，包括甲真菌病和甲营养不良等，需注意区分并及时就医处理。