腰椎间盘突出微创手术也可能存在后遗症，但其发生率相对较低，大约在5%~10%左右。不过，不同患者出现后遗症的情况差异较大。
术后感染问题
切口感染：微创手术的切口相对较小，但仍有发生感染的可能。一般来说，术后3~5天是切口感染的高发期，如果术后切口出现红、肿、热、痛，甚至有脓性分泌物，就需要警惕切口感染。深部组织感染：虽然发生概率较低，但也有可能出现椎间盘炎等深部组织感染，患者会出现腰部疼痛加重，伴有发热等全身症状。
神经损伤相关
暂时性神经症状加重：部分患者在术后可能会出现短期内神经症状加重的情况，比如原本下肢的麻木、疼痛症状在术后1~2周内有短暂加重，一般经过对症处理后会逐渐缓解。永久性神经损伤：这种情况非常罕见，发生率低于1%。主要是在手术操作过程中，由于器械的刺激或误伤及神经，导致患者出现永久性的下肢感觉、运动功能障碍。
复发情况
早期复发：术后3个月内属于早期复发阶段，这与手术区域组织的修复不完全等因素有关，大约有1%~3%的患者可能会出现早期复发，表现为腰部疼痛以及下肢的放射性疼痛等症状再次出现。远期复发：术后几年甚至更长时间也有复发的可能，总体远期复发率在5%左右，这与患者术后的生活方式等因素有关，比如术后过早从事重体力劳动等。
其他潜在问题
脑脊液漏：在微创手术中，如果涉及到硬膜囊的操作，有可能出现脑脊液漏。发生率较低，约为0.5%左右。患者可能会出现头痛等症状，平卧时头痛减轻，坐立或站立时头痛加重。腰部僵硬：部分患者术后会出现腰部僵硬的情况，大约有10%左右的患者会有不同程度的腰部活动受限，影响日常的弯腰、转身等动作，这与术后腰部肌肉的粘连等因素有关。