苯扎氯铵可能会有一些副作用。一般来说，正确使用时相对安全，但如果使用不当或个体对其敏感，可能出现不同的情况。
局部使用时的可能反应
皮肤接触方面： 如果皮肤长时间接触高浓度的苯扎氯铵，可能会引起皮肤刺激，出现皮肤发红、瘙痒等症状。比如在一些工业操作中，如果工人没有做好防护，长时间让皮肤接触到含有较高浓度苯扎氯铵的溶液，就有可能出现这种皮肤刺激的情况。黏膜接触情况： 当用于黏膜部位时，少数人可能会出现黏膜刺激症状。例如用于眼部黏膜，如果浓度掌握不当或者个体黏膜比较敏感，可能会有眼部的刺痛、烧灼感等。
吸入时的影响
呼吸道刺激： 吸入苯扎氯铵的气雾或粉尘，可能会刺激呼吸道，引起咳嗽、打喷嚏等症状。在一些苯扎氯铵的生产车间，如果通风不良，工人吸入较多含有苯扎氯铵的粉尘，就可能出现呼吸道刺激的表现。
口服时的潜在问题
消化道刺激： 误服苯扎氯铵可能会刺激消化道，导致恶心、呕吐等症状。不过在临床正规使用中，口服苯扎氯铵的情况较少，多是外用或局部使用。但如果不慎误服，就可能出现消化道的不适反应。
过敏反应情况
过敏体质者风险： 对于过敏体质的人来说，使用苯扎氯铵有可能引发过敏反应。过敏反应的表现多样，可能出现皮疹、荨麻疹，严重的还可能导致过敏性休克。一旦出现过敏反应，需要立即停止使用苯扎氯铵，并进行相应的抗过敏治疗。