6岁宝宝发烧39度时可采取多种方式来退烧，包括物理降温、口服药物以及肌肉注射退烧药物，以避免持续高烧对孩子身体造成损害。
一、物理降温：这是较为常用的方法。可以使用退烧贴，将其贴在宝宝额头部位，能起到一定的退烧作用；或者用毛巾擦拭宝宝的脚心和手心，有助于将多余的热量迅速排出体外；还可以进行酒精擦浴，也能达到快速退热的目的。
二、口服药物：要是物理降温效果不太明显，且温度有持续升高的情况。1.阿司匹林：具有解热镇痛的功效，可帮助宝宝快速退热。2.对乙酰氨基酚：能有效降低体温。3.吲哚美辛：对于退烧有一定效果。但需在医生指导下服用这些退烧药品。
三、肌肉注射：部分孩子可能对药物有明显抵抗，或者口服药物在短时间内无法降低孩子体温。这时可就医通过肌肉注射来退烧，如注射柴胡注射液、复方氨林巴比妥注射液等退烧药物，将药物注射到身体中，其退烧效果可能较为显著。
总之，当6岁宝宝发烧39度时，要根据具体情况合理选择退烧方法，确保宝宝体温尽快恢复正常，减少高烧对宝宝的不良影响。