3岁宝宝发烧达39℃属于高热，需进行退热处理以缓解不适，具体如下：
一、监测体温：依据宝宝症状表现，若其无任何不适，精神反应良好，吃喝、玩耍未受影响，可不做特殊处理，继续观察并让宝宝多喝水，同时监测体温。
二、药物治疗：若宝宝有明显不适，如情绪不佳、精神反应差，应及时使用退热药帮助退烧。适合宝宝的安全退热药主要有乙酰氨基酚和布洛芬，可根据宝宝体重计算用药量，同时让宝宝多喝水，利于体温下降和用药安全。
三、物理降温：可采用物理降温方式，但不太推荐，需考虑宝宝接受度。若宝宝愿意接受，可进行温水擦浴、贴退热贴或调整环境温度等帮助降低体温。若宝宝不愿意接受，最好不要强迫，因物理降温无法达到根本退热效果，若导致宝宝明显不适则得不偿失。
总之，对于3岁宝宝发烧达39℃的情况，要根据宝宝具体状态选择合适的处理方法，重点是关注宝宝的舒适度和安全性。