口腔经常溃疡可能由多种原因引起，其中约20% - 30%的复发性阿弗他溃疡与遗传因素有关，若家族中有多人经常长口腔溃疡，那么自身患病几率会相对较高。
一、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等维生素时，容易引发口腔经常溃疡。比如长期挑食、节食的人，很可能会出现维生素摄入不足的情况，进而增加口腔溃疡的发生风险。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔经常溃疡相关。例如体内锌元素缺乏时，会影响人体的免疫功能，使得口腔黏膜的修复能力下降，容易反复出现溃疡。
二、免疫因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现异常时，会攻击自身的口腔黏膜组织，从而导致口腔溃疡频繁发生。比如患有自身免疫性疾病的患者，如白塞病，往往会出现口腔经常溃疡的症状，同时还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。免疫功能低下： 当人体整体免疫功能低下时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体抵御病原体的能力下降，口腔黏膜就更容易受到病菌的侵袭，引发溃疡且反复发作。
三、精神因素
长期精神紧张： 现代人生活压力大，长期处于精神紧张的状态下，会影响人体的神经内分泌系统，导致口腔黏膜的血液循环和代谢功能紊乱，进而容易出现经常口腔溃疡的情况。比如学生在考试期间、职场人士面临重大项目时，精神高度紧张，口腔溃疡的发生率往往会升高。情绪波动大： 经常处于焦虑、抑郁等不良情绪中，也会对口腔黏膜产生不利影响。例如长期处于抑郁状态的人，其身体的免疫调节功能会受到干扰，使得口腔黏膜修复能力减弱，容易反复出现溃疡。
四、局部刺激因素
口腔局部创伤： 牙齿的残冠、残根、锐利的牙尖等局部刺激因素，会不断摩擦口腔黏膜，导致黏膜破损，从而引发口腔溃疡，而且如果这些局部刺激因素不消除，溃疡就容易反复出现。比如有牙齿残冠的人，口腔经常溃疡的情况可能会持续存在。不良修复体： 不合适的假牙等不良修复体，会对口腔黏膜造成持续的机械刺激，也会导致口腔经常溃疡。例如佩戴的假牙不合适，与口腔黏膜贴合不紧密，长期摩擦就会引发溃疡。