射精功能障碍的病因较多，其中神经源性因素较为常见，比如糖尿病患者中约有60%~70%会出现射精功能障碍，这是因为长期高血糖会损害神经，影响射精相关神经的正常功能。
神经源性因素
中枢神经系统病变：像脑血管意外、肿瘤等病变可能影响射精相关的神经传导通路。例如帕金森病患者，由于中枢神经系统的病变，会出现射精障碍的情况，这是因为疾病导致神经调控射精的功能出现异常。外周神经系统病变： 糖尿病性神经病变是常见的外周神经病变导致射精障碍的原因。除了糖尿病，盆腔手术如前列腺癌根治术等也可能损伤外周神经，进而影响射精功能，有研究显示前列腺癌根治术后约50%~70%的患者会出现射精功能障碍。
内分泌因素
激素水平异常： 睾酮水平异常会影响射精功能。当体内睾酮水平过低时，会导致性欲减退、射精障碍等问题。例如一些性腺功能减退症患者，由于睾酮分泌不足，就可能出现射精方面的异常。甲状腺功能亢进或减退也会影响射精，甲状腺功能亢进时，机体代谢紊乱，可能干扰生殖内分泌轴，从而影响射精过程；甲状腺功能减退时，激素分泌失调，也会对射精产生不利影响。
药物因素
影响神经递质的药物： 一些抗精神病药物，如氯丙嗪等，会影响神经递质的传递，从而导致射精障碍。还有抗高血压药物，像利血平、胍乙啶等，也可能引起射精功能异常。这些药物通过不同的机制干扰了与射精相关的神经传导或内分泌调节，进而引发射精功能障碍。其他药物： 部分抗肿瘤药物在治疗过程中也可能导致射精障碍，这是因为药物对生殖系统相关的细胞或神经等产生了影响，使得射精过程无法正常进行。
心理因素
焦虑与抑郁：长期处于焦虑、抑郁状态下的人容易出现射精功能障碍。比如一些工作压力大、生活不如意的人群，心理上的负面情绪会通过神经内分泌的调节影响到射精功能。据统计，约有10%~20%的射精功能障碍患者是由心理因素引起的，而且心理因素往往还会加重其他因素导致的射精功能障碍。性知识缺乏：对性知识了解甚少，存在错误的性观念，也可能引发射精功能障碍。例如一些人在性生活中过于紧张、焦虑，不了解正常的射精过程，从而导致射精出现问题。如果能通过正确的性教育等方式纠正错误观念，部分人的射精功能障碍可能会得到改善。