吃了紧急避孕药后小腹疼痛两天了，可能是以下原因引起：
1.药物副作用：紧急避孕药中含有大量的孕激素，服用后可能会刺激胃肠道，引起恶心、呕吐、腹痛等症状。一般症状比较轻微，不需要特殊处理，会在2-3天内自行缓解。
2.盆腔炎：如果本身就有盆腔炎，服用紧急避孕药后可能会加重病情，导致小腹疼痛、坠胀等不适。
3.其他：宫外孕、黄体破裂等也可能会引起小腹疼痛，这种情况比较危急，需要及时就医。
如果小腹疼痛持续不缓解，或者伴有阴道出血、恶心、呕吐等症状，建议及时就医，进行相关检查，明确病因后进行治疗。
需要注意的是，紧急避孕药不能作为常规的避孕方法，频繁服用可能会导致内分泌失调、月经紊乱等不良反应。建议在医生的指导下服用，并采取其他有效的避孕措施，如避孕套、节育环等。同时，服用紧急避孕药后要注意观察身体变化，如果出现异常情况，应及时就医。