服用紧急避孕药后小腹疼痛两天，可能是以下原因引起：
1.药物副作用：紧急避孕药含有大量孕激素，服用后可能会引起恶心、呕吐、头痛、乳房胀痛、腹痛等症状。这些症状通常会在1-2天内自行缓解，如果疼痛持续时间较长或症状加重，建议及时就医。
2.子宫收缩：紧急避孕药可能会刺激子宫收缩，引起小腹疼痛。这种疼痛通常是短暂的，会随着药物的代谢逐渐减轻。
3.其他因素：如果本身有盆腔炎、宫颈炎等妇科炎症，服用紧急避孕药后可能会加重炎症，引起小腹疼痛。此外，服用紧急避孕药后，如果出现月经紊乱、阴道不规则出血等症状，也可能与妇科疾病有关，需要及时就医。
需要注意的是，紧急避孕药不能作为常规的避孕方法，频繁服用可能会导致内分泌失调、月经紊乱等问题。建议在医生的指导下使用紧急避孕药，并采取其他有效的避孕措施，如避孕套、短效避孕药等。如果小腹疼痛持续时间较长或症状加重，建议及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。