根尖囊肿主要通过手术治疗。一般来说，手术切除是治疗根尖囊肿的主要方式，通常需要在局部麻醉下进行，将囊肿彻底摘除。
手术治疗方式
开窗减压术： 对于一些较小的根尖囊肿或者位置特殊不便直接摘除的情况，可采用开窗减压术。通过在囊肿上开窗，让囊液引流出来，使囊肿缩小，为后续的彻底手术创造条件。一般开窗后需要定期更换引流物，保持引流通畅。囊肿摘除术： 这是较为常用的手术方法。医生会彻底去除囊肿组织，同时处理患牙。如果患牙还有保留价值，会进行根管治疗等处理；若患牙无法保留，则会拔除患牙。手术过程中要注意完整摘除囊肿，避免残留导致复发。
术后注意事项
口腔护理： 术后要保持口腔清洁，每天至少刷牙2次，每次刷牙时间不少于3分钟。可以使用漱口水辅助清洁，漱口水一般每天使用2 - 3次，每次含漱30秒左右。饮食注意： 术后短期内饮食要清淡，避免吃辛辣、坚硬的食物。比如术后1周内，应选择软食，如粥、面条、蒸蛋等。避免用手术侧咀嚼食物，防止刺激创口。
复发情况及预防
复发原因： 根尖囊肿有一定的复发概率，主要是因为囊肿残留或者根尖病变组织未彻底清除干净。如果手术中没有完整摘除囊肿，残留的囊壁细胞可能会继续生长，导致囊肿复发。预防措施： 手术时要严格按照规范操作，彻底去除囊肿组织和病变的根尖周组织。术后要定期复查，一般术后1个月、3个月、6个月要进行口腔检查和X线检查，观察创口愈合情况和是否有复发迹象。如果发现异常，要及时处理。