肾结石的发病原因与多种因素相关，一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出形成结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分含量异常时，就可能引发肾结石。有研究表明，大约5% - 10%的人在一生中会患肾结石。
代谢异常导致
尿液中钙含量过高： 当身体钙代谢出现问题时，尿液中的钙浓度可能升高。例如，甲状旁腺功能亢进的患者，甲状旁腺会分泌过多甲状旁腺激素，导致骨钙大量释放，使血钙升高，进而尿液中的钙也随之增多，容易形成含钙的肾结石。草酸摄入过多： 日常饮食中如果摄入大量草酸含量高的食物，像菠菜、巧克力、浓茶等，会使体内草酸含量增加。过多的草酸在尿液中与钙结合，形成草酸钙结石。正常情况下，人体每天草酸的合适摄入量有限，若大量摄入富含草酸的食物，就增加了患肾结石的风险。
尿路梗阻因素
先天性尿路畸形： 有些人生来就存在肾盂输尿管连接部狭窄等先天性尿路畸形情况。这种情况下，尿液排出不畅，容易导致尿液中一些物质在局部积聚，逐渐形成结石。比如先天性肾盂输尿管连接部狭窄，会阻碍尿液从肾脏顺利流向膀胱，使得尿液在肾脏内滞留，为结石的形成创造条件。泌尿系统结石： 当泌尿系统中已经存在结石时，也可能引起尿路梗阻。比如输尿管结石，它会堵塞输尿管，导致上方尿液排出受阻，尿液中的晶体物质就容易沉积下来形成结石，而且梗阻还会加重结石的形成过程。
感染相关原因
细菌感染影响： 泌尿系统受到细菌感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使尿液中的矿物质围绕其沉积形成结石。例如，大肠杆菌感染泌尿系统后，会改变尿液的理化性质，使得尿液中的晶体更容易附着在细菌等物质表面，逐渐形成结石。感染引发尿素分解酶： 某些细菌，如变形杆菌等，能产生尿素分解酶，这种酶会分解尿液中的尿素，使尿液碱化。尿液碱化后，磷酸镁铵、磷酸钙等容易沉淀，从而形成感染性结石。