肾结石的形成与多种因素有关，其中，尿液中某些物质浓度过高是关键。有研究显示，约90%的肾结石含有钙，比如草酸钙结石较为常见。
代谢异常因素
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，超过了尿液的溶解能力，钙就可能沉积形成结石。尿酸代谢紊乱：体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，导致血尿酸升高，尿中尿酸排出增加，当尿液pH值偏低时，尿酸易形成结晶，进而发展为结石。
局部因素
尿路梗阻：尿路任何部位的梗阻都会导致尿液潴留，使尿液中晶体物质容易沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接处梗阻，会使上方尿液积聚，促进结石形成。尿路感染：尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体沉积，引发结石。像变形杆菌感染时，能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙结石形成。
生活方式因素
饮水不足：如果每天饮水量少于1500毫升，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质浓度升高，增加结石形成风险。饮食不均衡：长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食易诱发肾结石。例如，大量摄入菠菜、苋菜等富含草酸的食物，会使尿中草酸排泄增加；过多食用动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增多。缺乏运动：长期不运动，会导致骨骼中的钙释放进入血液，使尿钙增多，同时尿液在体内停留时间延长，增加结石形成机会。