长期服用益生菌可能会带来一些副作用。一般来说，长期服用益生菌可能影响自身肠道菌群的调节功能，比如有研究发现部分长期服用益生菌的人群，在停止服用后可能出现肠道菌群的暂时紊乱。
对肠道菌群的影响
破坏菌群平衡：长期服用益生菌可能会干扰人体自身肠道菌群的自然平衡。正常人体肠道内的菌群处于动态平衡状态，长期依赖外源性益生菌补充，可能使得肠道自身产生益生菌的能力下降。例如有研究观察到，长期服用益生菌的人群，在停止服用后，肠道菌群恢复到原来平衡状态的时间可能比未长期服用的人群更长。产生依赖：长期服用益生菌还可能让肠道产生对益生菌的依赖，使得自身肠道菌群的调节功能减弱。就像一些长期服用益生菌的人，一旦停止服用，可能会出现肠道不适等情况，这可能就是因为肠道自身调节菌群的能力因为长期依赖外源性益生菌而有所下降。
对免疫系统的影响
影响免疫调节：长期服用益生菌可能会对免疫系统产生一定影响。有研究表明，长期摄入益生菌可能会干扰免疫系统的正常发育和功能调节。比如在一些动物实验中发现，长期给予益生菌后，动物体内某些免疫细胞的活性和数量会发生改变，虽然人体和动物实验有差异，但也提示长期服用益生菌可能对免疫系统有潜在影响。改变免疫反应：长期服用益生菌还可能改变人体的免疫反应。正常情况下人体免疫系统会根据外界环境等因素进行适度调整，而长期服用益生菌可能会使这种调整出现偏差，导致免疫反应异常，不过具体机制还在进一步研究中，但已有一些迹象显示长期服用益生菌可能对免疫系统有影响。
对营养吸收的影响
干扰营养吸收：长期服用益生菌可能会干扰人体对某些营养物质的吸收。例如有研究发现，长期服用益生菌可能会影响肠道对维生素等营养物质的吸收过程。因为益生菌在肠道内的代谢等活动可能会改变肠道内的环境，进而影响营养物质的摄取和转运。影响矿物质吸收：长期服用益生菌还可能影响肠道对矿物质的吸收。肠道内的菌群平衡对矿物质的吸收有一定作用，长期服用益生菌打破了这种平衡，就可能干扰矿物质的正常吸收，虽然不同益生菌对矿物质吸收的影响程度可能不同，但总体上长期服用益生菌存在干扰营养吸收的潜在风险。